События в фильме происходят в 32 году до я. б. за десять лет до начала войн клонов и являются своеобразной прелюдией к возвышению зла в Галактике. В начале фильма двое рыцарей-джедаев — учитель Квай-Гон Джинн и его ученик Оби-Ван Кеноби,

назначаются послами для разрешения торгового спора между могущественной Торговой Федерацией и периферийной планетой Набу. Переговорам не суждено состояться, поскольку возглавляемые наместником Нуте Ганроем

представители Торговой Федерации, выполняя указание своего нового владыки — Тёмного повелителя ситхов Дарт Сидиуса, — пытаются убить послов и уничтожают доставивший их корабль. Однако джедаям удаётся отбиться от боевых дроидов и бежать на Набу на борту посадочного транспорта Федерации C-9979.
На поверхности планеты джедаи встречают местного жителя — забавного лопоухого гунгана Джар-Джар Бинкса,

изгнанного своими соплеменниками за неуклюжесть. Джар-Джар отводит своих новых друзей в подводный город гунганов Ото-Гунга, где они встречаются с гунганским правителем Босс Нассом. Босс Насс отказывается выступить против высадившихся на Набу боевых дроидов, но соглашается передать джедаям подводную лодку, на которой они, сопровождаемые Джар-Джаром, добираются до столицы планеты. Одновременно Торговая Федерация нападает на столицу Набу Тид и захватывает в плен четырнадцатилетнюю королеву Падме Амидалу.

Джедаи спасают Амидалу и вместе с ней улетают с Набу, в надежде добраться до столицы Галактической республики — Корусанта, всё ещё надеясь на мирное решение проблемы. Корабли Федерации наносят серьёзные повреждения кораблю Амидалы, но проведённый астродроидом R2-D2 ремонт позволяет ему спастись.
По пути корабль вынужден остановиться на починку на отдалённой пустынной планете Татуин. Здесь Джедаи встречают Энакина Скайуокера,

девятилетнего мальчика, находящегося вместе со своей матерью Шми Скайуокер в рабстве у тойдарианца Уотто,

но обладающего необыкновенно мощной Силой и отлично разбирающегося в технике. Чувствуя Силу, Квай-Гон Джин решает, что мальчик является известным по древним пророчествам Избранным, призванным восстановить равновесие Силы и уничтожить ситхов.
Благодаря победе Энакина в опасных гонках на подах

джедаи получают от Уотто необходимые детали для ремонта корабля и освобождают мальчика из рабства.

Энакин покидает Татуин вместе с Падме,

которая производит на мальчика неизгладимое впечатление, и джедаями — Квай-Гон собирается представить его джедайскому совету и обучить владению Силой. Между тем, Тёмный повелитель ситхов отправляет своего ученика-ситха Дарт Мол на поиски королевы и джедаев. Дарт Мол и Квай-Гон впервые встречаются в коротком бою как раз перед посадкой на корабль.

Прибыв на Корусант, Квай-Гон докладывает джедайскому совету о таинственных событиях и представляет магистрам-джедаям Энакина. Джедаи приходят к выводу о возрождении ордена ситхов, но отказываются обучать мальчика, считая его слишком взрослым. Корусант, погрязший в бюрократии, не может решить проблему с Набу из-за нерешительности канцлера Финиса Велорума. Поэтому, по призыву королевы Амидалы, поддавшейся на уговоры представителя Набу в Сенате сенатора Палпатина, канцлера снимают с должности, избрав на его место таинственного Палпатина. Королева Амидала не может больше ждать и решает лично справиться с Торговой Федерацией. Джедаи сопровождают королеву, когда та вновь отправляется на Набу.
На Набу Падме Амидала обращается за помощью к гунганам, соглашающимся выставить свою армию, чтобы помочь выбить дроидов Торговой Федерации из столицы. Пока гунганская армия сражается с дроидами и танками Федерации за чертой города, джедаи вместе с Амидалой отбивают дворец. В это время юный Скайуокер, случайно оказавшись в звездолёте-истребителе, попадает в самую гущу космического сражения, где он взрывает главный командный центр Торговой Федерации

, обездвижив её армию.
Когда кажется, что победа уже близка, появляется ученик повелителя ситхов — Дарт Мол, и джедаи вынуждены сражаться с ним.

В нелегкой схватке Квай-Гон погибает, но Оби-Ван, почти побеждённый, все же сражает ситха, разрубив его пополам. Перед смертью учитель Оби-Вана успевает попросить его сделать Энакина джедаем, и в конце фильма Кеноби становится учителем мальчика.
Призрачная тень нависает над Галактикой — тёмные ситхи возвращаются.