Прошло пять лет с тех пор, как Питер осознал, что «с Великой силой приходит Великая ответственность!» и три года с тех пор, как он отказался быть борцом за справедливость. Но сейчас кажется, Питер научился жить несколькими жизнями. Он хорошо учится, Нью-Йорк признал его героем, Питер даже намеревается сделать Мэри Джейн предложение!

Но к сожалению, его лучший друг Гарри Озборн по-прежнему считает, что именно Человек-Паук несет ответственность за безвременную кончину его отца. Гарри намеревается отомстить ему в образе Нового Гоблина. В то же самое время на криминальной сцене Нью-Йорка появляется другой могущественный суперзлодей, известный как Песочный Человек. Выясняется, что это Флинт Марко — настоящий убийца дяди Питера.

Когда Человек-Паук надевает таинственный черный костюм, его темная, более мстительная сторона полностью поглощает его.

Эти трансформации заставляют его встретиться с самым сильным противником: Веномом, который является его соперником Эдди Броком.

В финальной битве Человек-Паук с помощью Нового Гоблина побеждает Венома, но при этом Веном убивает Гарри Озборна, а прощенный Питером убийца, Песочный Человек, уходит сам. Фильм кончается похоронами Гарри. После похорон следует сцена в которой Паркер и Мери Джейн выясняют отношения, причем остается неясным исход этих выяснений.